Pisana historia gminy zaczyna się w początkach XIII w. Pierwsza wzmianka o Gnojniku, Gosprzydowej i Lewniowej znajduje się w dokumentach autorstwa Wincentego Kadłubka z roku 1215. Uszew i Biesiadki weszły na karty historii dzięki metrykom wystawianym w drugiej połowie XIII wieku. Grunty pod następne lokowane wówczas wsie: Zawadę Uszewską i Żerków wydzielono jeszcze przed rokiem 1350. Kolejny ślad istnienia i rozwoju gminnych sołectw znaleźć możemy w wykazach świętopietrza, z których wynika, że Gnojnik, Gosprzydowa i Lewniowa były wsiami rycerskimi, a Uszew, Biesiadki, Zawada i Żerków należały do uszewskiego klucza dóbr biskupów krakowskich.
Głębokie piętno na losach gminy Gnojnik naznaczyły takie wydarzenia historyczne, jak: „potop” szwedzki z lat 1655-1660 i związany z nim najazd wojsk siedmiogrodzko-kozackich na Małopolskę w roku 1657, rabacja galicyjska w lutym i marcu 1846 roku oraz dramatyczne wydarzenia I i II wojny światowej.
Gmina w obecnych granicach funkcjonuje od 1 stycznia 1973 r., a od 1975 roku wchodzi w skład utworzonego wówczas województwa tarnowskiego. Wraz z reformą ustroju terytorialnego od 1 stycznia 1999 gmina Gnojnik znów znalazła się w reaktywowanym powiecie brzeskim, a wraz z nim w województwie małopolskim.
